Muzeum Jana Pawła II znajduje się w pomieszczeniu, gdzie w czasie uroczystości kanonizacyjnych w 1999r. była zakrystia dla kardynałów i biskupów.
Na ścianach dominuje wystawa fotograficzna Sylwestra Adamczyka z Mszy Św. Kanonizacyjnej, która jest fragmentem jego albumu pt. „Ojciec Św. na Sądeckiej Ziemi” (Nowy Sącz 2000). Można również zobaczyć tam obrazy przedstawiające Ojca Świętego i św. Kingę, jak i wyroby twórczości artystycznej.
Jednym z ciekawszych eksponatów jest prorocza płaskorzeźba Franciszka Palki z Paszyna k. Nowego Sącza zatytułowana: „Święci Diecezji Tarnowskiej”. Płaskorzeźba przedstawia Ojca Świętego w czasie podniesienia Eucharystii, przy czym hostia ma postać oblicza Pana Jezusa z łaskami słynącego obrazu „Przemienienie Pańskie” w nowosądeckiej bazylice pod wezwaniem Św. Małgorzaty. W tle nad osobą Ojca Świętego znajdują się 3 postacie (od lewej) Św. Kinga, Św. Stanisław – biskup Szczepanowski i Św. Świerad z Tropia. U dołu – biały orzeł, jako symbol ojczyzny wyzwalającej się z więzów niewoli.
Płaskorzeźbę nazywamy „proroczą” ponieważ artysta wyrzeźbił ją w 1979r., a więc 20 lat przed wizytą Ojca Świętego w Starym Sączu, kiedy Św. Kinga była Błogosławioną. W centrum ołtarza dla papieskiej celebry z okazji kanonizacji bł. Kingi umieszczono kopię obrazu „Przemienienie Pańskie”, i tak – mówiąc w przenośni – te postacie spotkały się tutaj razem 16.06.1999r.
W czasie kanonizacji są używane dwa trony papieskie: jeden do liturgii, a drugi kanonizacyjny do odczytania dekretu kanonizacyjnego.
Narty na których jeździł jako ksiądz zostały w Wadowicach – w domu rodzinnym zamienionym na muzeum, narty na których jeździł jako biskup krakowski i kardynał znajdują się w Krakowie, natomiast te na których jeździł jako papież z Watykanu trafiły do nas.
Ekwipunek osobisty Ojca Świętego do turystyki pieszej to buty firmy Dolomite, sweter, plecak, czapka, rękawiczki i buty do codziennej porannej gimnastyki.
Pamiątkowe rzeczy to but podarowany Ojcu Św. w Elblągu w 1999 r. oraz piłka nożna podarowana przez Reprezentację Polski w latach osiemdziesiątych (ok. 1981/1982).
Drobne pamiątki z wizyt apostolskich: Karty wstępu do sektorów na Msze Św. z Ojcem Świętym, notatki prasowe, przypinki, plakietki, proporczyki, kartki okolicznościowe, znaczki pocztowe, kilka medali wybitych przy okazji kanonizacji różnych świętych, a szczególnie św. Kingi. Pamiątkowe kasety magnetofonowe z przemówieniami Ojca Świętego, płyty kompaktowe, kasety video.
Medale wybite z okazji pielgrzymek Apostolskich. Srebrne monety edycji watykańskiej wydawane z okazji ważnych wydarzeń w czasie pontyfikatu oraz kilka książek dotyczących życia Ojca Świętego, jak również katalogi z wystaw exlibrisów poświeconych Ojcu Świętemu zbieranych przez Józefa Tadeusza Czosnykę.
Świeczniki wyrzeźbione w bryłach solnych z kopalni soli w Bochni używane podczas Mszy Św. kanonizacyjnej w Starym Sączu.
Ornat z Mszy Św. kanonizacyjnej w Starym Sączu.
Biała sutanna z pasem papieskim, buty, piuska, których Ojciec Święty używał przed rokiem 1999.
Jeden z najcenniejszych eksponatów – pierwsza piuska Ojca Świętego podpisana od spodu w dniu inauguracji pontyfikatu 22 października 1978.
Pamiątki, które Ojciec Święty otrzymał przy różnych okazjach: Kasetka na różańce z Indii, krzyż podarowany przez młodzież 1983r. w czasie światowego Dnia Młodzieży w Austrii, pismo Św., które jeszcze jako kardynał otrzymał w 1976r. od kardynała Króla z Filadelfii, pocztówka, którą jako kardynał wysłał do Ś.p. ks. bp. Piotra Bednarczyka, różańce, które Ojciec Święty ofiaruje pielgrzymom na prywatnych audiencjach, jeden z czterech srebrnych świeczników jakie otrzymał w Brazylii, rytuał liturgiczny nabożeństw VII Pielgrzymki do Ojczyzny w 1999r. i album „Ojciec Święty na Ziemi Sądeckiej” podpisany osobiście przez Ojca Świętego, jak również długopis z pierwszej pielgrzymki do Diecezji Tarnowskiej w 1987r. którym podpisywał Kronikę chóru Pueri Cantores.
Medale wybite z okazji Synodów Biskupów, kongresów eucharystycznych jak również pamiątki związane z osobami, które obsługiwały pielgrzymki Ojca Świętego – straż papieska, media. Bilety wstępu do pierwszych sektorów, pamiątkowe karty parkingowe, oraz drewniana kasetka kapelana Ojca Świętego ks. Dziwisza i osobisty ręcznik Ojca Świętego.
